La Direcció General de MUFACE assumeix la representació legal de l'Organisme, així com les competències de direcció, coordinació, gestió i inspecció de les activitats desenvolupades per al compliment de les finalitats d'aquell.
En el pla central, la Direcció General s'estructura en els següents òrgans:
A més, existeix una Unitat de Suport a la Direcció General de MUFACE, encarregada de donar suport tècnic a la mateixa, en la qual s'integra la unitat de gestió del Pla de Pensions de l'Administració General de l'Estat i una Unitat de Tecnologies de la Informació i Comunicacions (TIC), que presta serveis a l'organisme en aquest àmbit.
En el pla perifèric, i d'acord amb la distribució del col·lectiu de mutualistes i beneficiaris per tot el territori nacional, MUFACE compta amb un Servei Provincial en cadascuna de les Províncies, així com a Ceuta i Melilla. A més, existeixen dues Oficines Delegades a Santiago de Compostel·la i Vigo.
En aquesta etapa, els Directors i Directores Provincials cobren gran rellevància. El Pla MUFACE AVANZA s'assenteixi sobre l'existència d'un equip directiu únic, integrat per efectius tant dels serveis centrals com dels perifèrics, per la qual cosa és necessari generar una cultura organitzativa d'acord amb aquest enfocament integrat i posar en marxa eines que facilitin la coordinació funcional i territorial.
