Os órganos de goberno de MUFACE son:

• Presidencia, que ostenta a persoa titular da Secretaría de Estado de Función Pública, á que lle corresponde a alta dirección e a representación do organismo, así como a Presidencia do Consello Xeral.
• Consello Xeral.

• Dirección Xeral

A Dirección Xeral de MUFACE é o órgano executivo do organismo.

No ámbito central, a Dirección Xeral estrutúrase nos seguintes órganos con rango de Subdirección:

• Secretaría Xeral
• Departamento de Xestión Económica e Financeira
• Departamento de Prestacións Sanitarias
• Departamento de Prestacións Sociais

Ademais, existe unha Unidade de Apoio á Dirección Xeral de MUFACE, encargada de prestarlle soporte técnico, e da Dirección Xeral dependen así mesmo a División de Tecnoloxías da Información e Comunicacións (TIC) e a División de Coordinación Territorial, Atención ás e aos Mutualistas, Calidade e Explotación do Dato.

Órganos territoriais

• Comisións Provinciais e de Ceuta e Melilla

No ámbito territorial, as Comisións encárganse de velar pola aplicación dos acordos do Consello Xeral e de propoñer medidas para o seu perfeccionamento nese ámbito.

De acordo coa distribución do colectivo de mutualistas e beneficiarios no territorio nacional, MUFACE conta cun Servizo Provincial en cada unha das provincias, así como con servizos en Ceuta e Melilla. Tamén existe unha Oficina de Persoal no Exterior (OPE), unha Oficina Delegada en Vigo, unha Oficina de Tramitación Electrónica en Vigo (OTE) e unha Oficina Polivalente en Murcia (OPM).

Á fronte de cada Servizo Provincial e dos Servizos de Ceuta e Melilla existe un director ou directora provincial, que nesta etapa cobra unha grande relevancia. O Plan MUFACE AVANZA2 aséntase sobre a existencia dun equipo directivo único, integrado por efectivos tanto dos servizos centrais como dos periféricos, polo que é necesario xerar unha cultura organizativa acorde con esa visión integrada, con ferramentas que faciliten a coordinación funcional e territorial, así como a adaptación permanente ao cambio.

Por último, en MUFACE tamén se sitúa a Oficina do Partícipe, regulada polo artigo 42 das Especificacións do Plan de Pensións da Administración Xeral do Estado.