Hauek dira MUFACEko gobernu-organoak:

• Presidentetza, zeina Funtzio Publikoko Estatu Idazkaritzaren  titularra den, eta berari dagokio organismoa zein Kontseilu Nagusiaren Presidentetza ordezkatzea.
• Kontseilu Nagusia.

• Zuzendaritza Nagusia

MUFACEko zuzendaritza nagusia da organismoaren organo betearazlea.

Maila nagusian, Zuzendaritza Nagusia zuzendariordetza maila duten organo hauetan egituratzen da:

• Idazkaritza Nagusia
• Ekonomia- eta Finantzaketa-kudeaketaren Saila
• Prestazio Sanitarioaren Saila
• Gizarte Prestazioen Saila

Gainera, MUFACEren Zuzendaritza Nagusiak Babes Unitate bat du, zeinak horri laguntza teknikoa ematen dioen, eta bere baitan daude, halaber, Informazioaren eta komunikazioaren teknologien (IKT) Dibisioa  eta Lurralde Koordinazioaren, Mutualistarentzako Arretaren, Kalitatearen eta Datuen Ustiapenaren Dibisioa.

Lurralde-organoak

• Probintziako batzordeak eta Ceuta zein Melillakoak. probintzialak

Lurralde-eremuan, batzordeak arduratzen dira Kontseilu Nagusiaren akordioak aplikatzea diren zaintzeaz eta eremu horretan hobekuntza lortzeko neurriak proposatzeaz.

Mutualisten kolektiboaren eta nazio-lurraldeko onuradunen banaketari dagokionez, MUFACEk probintziaren zerbitzua du probintzia bakoitzean, bai eta zerbitzuak ere Ceutan eta Melillan. Horrez gain, kanpoko langileentzako bulego bat (KLB) dago, baita bulego delegatu bat eta izapidetze elektronikoko bulego (IEB) bat ere Vigon, eta bulego balioaniztun bat Murtzian (BBM).

Probintziako zuzendari bat dago probintziaren zerbitzu bakoitzaren eta Ceuta zein Melillako zerbitzuen buru, eta fase honetan oso garrantzitsuak dira.  MUFACE AVANZA 2 Planak oinarri du zuzendaritza-talde bakarra egotea, zerbitzu nagusien zein inguruko zerbitzuen langileek osatua; hortaz, beharrezkoa da ikuspuntu integratu horrekin bat datorren kultura antolatzaile bat eraikitzea funtzio- zein lurralde-koordinazioa errazten duten tresnekin, baita aldaketen aurreko etengabeko moldaketa ere.

Azkenik, Partaidearen bulegoa ere MUFACEn dago, eta Estatuko Administrazio orokorraren pentsio-planeko zehaztapenen 42. artikuluak arautzen du.